متنوعة تارة بإعدام ثلة من حواشيه وأخرى بالضغط على فضلاء الحوزة بالقتل والحبس والتشريد والتسفير وهكذا ، ومع كل هذه الأسباب القمعية والمضايقات فإنه قدّس سرّه تحمل وصبر كالجبل الراسخ في سبيل الحفاظ على كيان هذه الحوزة المباركة والهدف من وراء كل هذه المضايقات والضغوط أما أن تصدر منه قدّس سرّهكلمة ضد النظام أو لتأييده ومشروعيته فان النظام على كلا التقديرين يصل إلى هدفه المشؤم ، أما على الأول فإنه ذريعة لهدم الحوزة نهائياً ، وإما على الثاني فإنه تهديم لمعنوية الحوزة وروحها المتمثلة بالسيد الخوئي قدّس سرّه هذا هو ديدن علمائنا العظام فإنهم كانوا يبذلون أنفسهم في سبيل الحفاظ على كيان الحوزة ومكانتها الدينية وهيبتها واستقلاليتها في كافة شؤونها الاقتصادية والتعليمية والدينية في الأوقات التي تعرضت الحوزة من قبل الحكومات والأنظمة الجائرة للانتهاكات والمضايقات لأن الحفاظ على كيانها حفاظٌ على كيان المذهب . وبعد سقوط النظام أخذت الحوزة عافيتها ونشاطها يوما بعد يوم إلى أن واجهت ظروفا غير متوقعة أملنا بالله تعالى كبير أن تمر هذه الظروف بسلام وتستعيد الحوزة نشاطها تدريجيا ومن هنا إن الوظيفة الشرعية تملي على العلماء ورجال الحوزة وأساتذتها وطلابها الاهتمام الجاد بالدراسة والتحقيق وبذل أقصى الجهد فيها لكي يحافظ على مكانة الحوزة العلمية المباركة وعطاءها المستمر بشكل أفضل يوما بعد